•因著傳道同工轉換頻繁及母堂蔡永生牧師，因病未能作領導牧養，教會發展停滯不前。
•馮振聲傳道於1999年上任，致力牧養學生及福音工作，並於2002年被辦學團體邀請成為主恩中學的「校牧」，至今唯一一位有此稱謂的教牧同工；
•2000年實行「部門部長制」，有助教會牧養分工清晰及系統。
•2004年至2005年期間並無全職教牧在任，教會發展再次停滯不前。
•陳光偉牧師卡2005年上任，並於2006年將原來的三個青年團契合併為「青少年崇拜」。
•2006年成立「分堂發展小組」，探討教會自立方向及計劃。